W leczeniu mięczaka zakaźnego stosowane są metody dermatologiczne i farmakologiczne, ale niektóre z nich mają inwazyjny charakter. W przypadku dużych wykwitów wskazane może być przeprowadzenie zabiegu chirurgicznego, a kiedy zmiany są niewielkie, lekarz może zlecić zabieg usunięcia guzków, najczęściej wskazując:
- krioterapię: zmiany wymraża się przy użyciu ciekłego azotu;
- łyżeczkowanie zmian przez dermatologa, czyli drobny zabieg chirurgiczny wykonywany w znieczuleniu miejscowym, uzupełniany o stosowanie nalewki jodowej (ma ona działanie przeciwwirusowe);
- usuwanie laserowe laserem CO2;
- stosowanie maści i roztworów na wykwity, zawierających na przykład wodorotlenek potasu, podofilotoksynę, kwas salicylowy lub kwas glikolowy.
Podczas stosowania maści mogą wystąpić efekty uboczne w postaci świądu i pieczenia, ponieważ zawarte w nich substancje mają właściwości drażniące. Pozostałe zabiegi również obarczone są pewnym ryzykiem: są bolesne i stresujące, mogą zostawiać blizny i podrażniać skórę. Mogą także pojawić się nawroty choroby, nawet w krótkim czasie od wyleczenia.